Satul Cârţăţeni s-a format în anul 1651, prin sat trecea drumul ce lega sudul ţării cu târgurile centrului Căuşeni, Tighina ş.a. Celora ce veneau de la depărtări mari li s-a potrivit locul de odihnă pentru noapte, unde erau nutreţuri în deajuns pentru vite, iar sub poalele pădurii se puteau dosi de vânturi şi ploi. Deoarece populaţia băştinaşă se ocupa cu creşterea bovinelor, bucatele erau pregătite mai des din carne şi se pregăteau mai ales cârnăciori, de la ce mai apoi a şi provenit denumirea localităţii Cârţăţeni. Cu timpul, stabilindu-se mai mulţi locuitori, a început despădurirea parţială a pământurilor şi creşterea cerealelor.
Satul Cârnăţeni este o localitate cu o istorie îndelungată, având rădăcini adânci în tradițiile și cultura regiunii. De-a lungul timpului, satul a evoluat, păstrându-și identitatea și caracteristicile unice.
Biserica „Sf. Arhangheli Mihail și Gavriil” din Cârnățeni a fost construită din piatră, iar clopotnița a fost adăugată ulterior, fiind un loc de cult esențial pentru comunitatea locală.
Școala parohială din Cârnățeni a fost construită cu sprijinul familiei Ponset, o familie de nobili din Leuntea, având un rol important în educația locală.